Podstawową funkcją programu jest przetwarzanie danych graficznych powstałych w wyniku prowadzenia badań z wykorzystaniem elektroforezy żelowej, chromatografii, metody dot blot itp. UN-SCAN-IT wykrywa ścieżki, pasma oraz plamy, a następnie dokonuje analizy ilościowej obrazu. Otrzymane wyniki można łatwo edytować, zapisywać i wykorzystywać przez inne programy.

Praca z programem sprowadza się do wykonania czterech prostych czynności: