Aplikacja oparta jest na łatwym w zastosowaniu procesorze tekstowym, całkowicie integrującym notację matematyczną w jej naturalnym zapisie. Wprowadzanie tekstu oraz zapisu matematycznego jest więc bezpośrednie. Formatowanie jest szybkie, proste oraz zgodne ze znacznikami definiującymi strukturę dokumentu oraz wygląd.
Scientific Notebook 5.5 dostarczany jest z wbudowaną algebrą komputerową MuPAD 3.1.
System ten używa naturalnej notacji matematycznej, dzięki czemu potencjalny użytkownik nie musi opanowywać złożonej składni w celu wyznaczania wartości, upraszczania, rozwiązywania lub kreślenia wyrażeń matematycznych.
Możliwe jest szerokie zakres obliczeń algebry komputerowej:
- symboliczne,
- numeryczne,
- całkowe,
- różniczkowe,
- a także rozwiązywanie równań algebraicznych oraz różniczkowych.
Poza tym istnieje możliwość tworzenia wykresów 2D oraz 3D w wielu stylach oraz systemach współrzędnych, a także obliczanie wartości z ponad 150 jednostkami miary. Ponadto przy użyciu Exam Buider możliwe jest konstruowanie testów, a następnie ich ocenianie i nagrywanie na serwerze sieci.
Użytkownik posiadający dostęp do sieci Internet może otwierać plik na każdym adresie URL z poziomu programu. Za pomocą aplikacji Scientific Notebook 5.5 możliwe jest wysyłanie dokumentów matematycznych zawierających tekst, równania oraz wykresy po sieci Internet.
Scientific Viewer - bezpłatna przeglądarka - umożliwia łatwą wymianę dokumentów. Oprogramowanie wspiera linki hipertekstowe, dzięki czemu można ułatwić nawigację pomiędzy powiązanymi dokumentami. Ponadto aplikację Scientific Viewer wykorzystać można do przeglądu oraz drukowania dokumentów.